エンリッチメント解析ウェブサービス

エンリッチメント解析は,適切な生物学的テーマを見極めるために共通して使用されるアプローチです。InterMineのAPIを使うことで,リストをアップロードし,そのリストのウィジェットからエンリッチメント解析結果を引き出すことができます。これを行うためには,最初にアカウントとリストをアップロードするためのAPIアクセスキーが必要になります。

手順を簡単にするために,’エンリッチメント解析’用の代替APIを提供します。引数なしで
https:/targetmine.mizuguchilab.org/pipeline/analysis/enrichment
へアクセスすればAPIの説明を得られます。

例:

https://targetmine.mizuguchilab.org/pipeline/analysis/enrichment?theme=Pathway&dataSet=KEGG+Pathway&taxonId=9606&cutOff=0.001&list=1080,125,217,2944,2947,2950,2952,3105,3106,3107,3115,3119,3123,3265,3304,3458,3586,3856,4257,5444,54576,54577,54578,54658,5644,6648,6690,7040,7124,847,929&showBg=true

上記URLのHTTPリクエストを呼び出すことで,タブ区切りのテーブルでエンリッチメント解析結果が返ります。

今のところ,APIは遺伝子リスト入力のみサポートします。

タンパク質リスト,またはプローブセットリストを遺伝子リストへ変換するのに,以下のサービスを試してみることができます。

https://targetmine.mizuguchilab.org/pipeline/analysis/convert