[ChEMBL compounds->Target->gene->disease relationship]に加えて[CheEMBL Interaction->Assay->publication->MeSH(disease term)]を使用します。但し，同じ出版物に掲載されていても，化合物と疾患の間に相関があるという保証はありません。
1.TargetMineのメインページで，”Query Builder”タブをクリックします。
TargetMineの”Query Builder”タブをクリックします。
2. “ChEMBL Interaction”を選択した後，”Select”ボタンをクリックして，クエリを開始します。
“ChEMBL Interaction”を選択して，”Select”ボタンをクリックします。
3. “Model browser”でTargetMineのデータモデルを表示させることができます。データモデルは，ツリー構造をしており，”＋”をクリックすることで，サブクラスが表示できます。例えば，”ChEMBL Interaction”クラスをルートとして，サブクラスの”Activities”をクリックすると，さらにそのサブクラスの”Assay”が現れます。”ChEMBL Interaction”からはじめて，”Category”を表示させるには，”Activities”，”Assay”，”Publications”，”Mesh Terms”，”Tree Numbers”，”Category”と順に展開します。同じく”MeSH Term”(“ChEMBL Interaction”->”Activities->”Assay”->”Publications”->”Mesh Terms->”Tree Numbers->”Parents”->”MeSH Term”)，”Compound”(“ChEMBL Interaction”->”Compound”)，”Organism”(“ChEMBL Interaction”->”Protein”->”Organism”)も展開して表示できます。
ツリーを展開し，TargetMineのデータクラスを表示させます。
4. 次に各々のクラスについて，属性の”SHOW”タブをクリックすることで出力テーブルに追加することができます。例えば，”Mesh Terms”クラスの”Description”，”Identifier”，”Name”。”Tree Numbers”クラスの”Number”。”MeSH Term”クラスの”Identifier”，”Name”。”Compound”クラスの”Identifier”。”Protein”クラスの”Name”，”Primary Accession”，”DB identifier”，”Symbol”。”Organism”クラスの”Name”を選択します。
選んだ項目は”Query Overview”に表示されます。
出力したい項目の”SHOW”タブをクリックします。
5. このチュートリアルでは，結果出力をすぐに得られるようにMesh Categoryに制限を付けます。”Category”クラス配下の”Identifier”クラスの’CONSTRAIN’タブをクリックし，ポップアップ画面で，プルダウンリストから”C”を選択し”Add to query”ボタンをクリックします。
制限なしの検索はサーバに負荷がかかりますので，クエリーをサブミットする前に(お問い合わせへのリンク)ご相談ください。
尚，制限なしの場合の結果はこちらからダウンロードできます。
6. ”Fields selected for output”エリアで，出力カラムに対応する項目のボックスをドラッグ＆ドロップすることで，結果テーブルのカラムの並びを変更できます。
(ケース1.1の手順6を参照ください)
7. “Show results”ボタンをクリックして結果テーブルを表示します。
(ケース1.1の手順7を参照ください)
クエリーの結果の確認と保存については，ケース1.1の手順8,9を参照ください。
