TargetMine API

InterMineフレームワークは,HTTPリクエストまたは,Perl,Java,Python,Ruby,及びJavaScriptを含むプログラミング言語でデータにアクセスするための何種類かのアプリケーション・プログラミング・インタフェース(APIs)を提供します。

最も単純な例は,HTTP APIです。

検索

次のHTTPリクエストは,JSON形式の”Alzheimer”という単語による,TargetMineのクイックサーチの結果を返します。

https://targetmine.mizuguchilab.org/targetmine/service/search?q=Alzheimer

JSON: JavaScript Object Notation。詳細はWikipediaを参照して下さい。

テンプレート

HTTPリクエストを送信することで,テンプレートクエリーを実行できます。各テンプレートに自動生成されたURLがあります(図を参照下さい)。

Each template contains a 'web service URL' link

各テンプレートの左下に“web service URL” リンクが表示されます。
リンクをクリックして,テンプレート用に自動生成されたURLを取得します。

例は次の通りです。

https://targetmine.mizuguchilab.org/targetmine/service/template/results?name=Gene_Pathway&constraint1=Gene&op1=LOOKUP&value1=3633&extra1=&format=tab&size=10

この例では,結果はタブ区切り(TSV)形式で返ります。

関連ページ:

こちらもご覧ください

  1. API – TargetMine
  2. Web Services – InterMine documentation
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