関連性ヒートマップ

関連性ヒートマップは、生物学的アノテーションに対する見方を提供します。エンリッチメント結果を表示するだけでなく、独立して使用することもできます。関連性ヒートマップの簡単な使い方は、TargetMineからエキスポートした検索結果を使うことです。このページではそのやり方について説明します。

  1. TargetMineにタンパク質のリストをアップロードしたとしましょう。
    (もしリストをアップロードする方法がわからなければ、リストをご覧ください。)
    heatmap_01
  2. あなたのリストにあるタンパク質に関連するタンパク質ドメインを検索したいとしましょう。まず、「Templates」のタブへ行き、ドロップダウンリストから「Protein Domain」を選択してテンプレート(あらかじめ定義されたクエリー)を絞り込みます。それから’Protein –> All Protein Domains‘.(もしテンプレートの使い方がわからなければ’テンプレート‘。)
    heatmap_02
  3. チェックボックスをクリックして、アップロードしたリストにあるタンパク質だけに限定する条件をつけ、クエリーを実行します。
    heatmap_03
  4. 検索結果のページ右上の「Export」ボタンをクリックします。
    heatmap_04
    それから検索結果をダウンロードします。
    heatmap_05
  5. Association Heat Map(関連性ヒートマップ)」のアプリケーションページへ行きます。ダウンロード結果をテキスト欄にペーストし、”GO, upload Table”をクリックします。
    heatmap_11
  6. ヒートマップで見たいカラムのペアを選択します。この例では、タンパク質(accession)とInterProドメイン(name)の関連が見たいので、それぞれ「Column 1」と「Column 8」を選択します。そして「Draw Heat Map」をクリックしてヒートマップを表示します。
    heatmap_12
  7. ドロップダウンリストを使って順番を変更できます。「Change Color」をクリックすると、色を変更するためのダイアログが表示されます。結果をエキスポートするために、「Export Image」や「Export matrix」を使うことができます。
    heatmap_13