ハブ遺伝子とボトルネック遺伝子

遺伝子のリストが与えられたとして、それらと相互作用する全ての遺伝子と、それらの相互作用のドラッガビリティーを抽出します。

ハブとは、信頼性の高いタンパク質インタラクトームにおける、次数(ノードと関連する相互作用の数)が高い上位10%のノードのことです。

ボトルネックとは、信頼性の高いタンパク質インタラクトームにおける、中間中心性(インタラクトームにおける最短経路のうち、そのノードを通るものの割合)が高い上位10%のノードのことです。

The process how TargetMine identifies hubs and bottlenecks.

TargetMineにおける、ハブとボトルネックの同定プロセス

高信頼PPIとは、ここでは、3つ以上の実験手法で確認された、あるいは、3つ以上の論文で報告された相互作用を指します。

適用例や詳細については、以下の文献をご覧ください。

参考文献:

  • Tripathi LP, et al. (2013) Understanding the Biological Context of NS5A-Host Interactions in HCV Infection: A Network-Based Approach. J Proteome Res. [PubMed:23682656]
  • Betweenness centrality is an indicator of a node’s centrality in a network. It is equal to the number of shortest paths from all vertices to all others that pass through that node. [Wikipedia: Betweenness centrality]