TargetMineの使用例

以下の問いの答えを探したいとしましょう:

遺伝子のリストが与えられたとして、それらと関連する全ての疾患と、それらをターゲットとする全ての医薬品を抽出します。

1. 最初に、リストをアップロードします。

(アップロードの仕方が分からない場合は、 ‘リスト‘ のページをご覧ください。)

List analysis page

リスト解析ページ

2. リストの中の遺伝子に関連している疾患はどれか?を調べるため、「disease」というキーワードでテンプレート(あらかじめ設定されたクエリー)を検索することができます。

(テンプレートの使い方が分からない場合は、’テンプレート‘のページをご覧ください。)

Filter templates by th keyword 'disease'

「disease」というキーワードでテンプレートを絞り込みます。

3. ‘Gene(s) –> Disease(s)’というテンプレートが見つかりますので、アップロードした遺伝子リストを使った制約条件をつけ、クエリーを実行します。

Constrain to a gene list for a template query.

テンプレートクエリーに、遺伝子のリストで制約条件をつけます。

The query results show those diseases associated with the genes in the list.

検索結果に、この遺伝子リストと関連した疾患が表示されます。

4. これらの遺伝子をターゲットとする化合物を探索するためにも、同じアプローチでテンプレートを使うことができます。‘Gene(s) –> Compounds’のクエリーを実行します。