参考文献

引用

研究にTargetMineを利用した場合は、下記文献の引用をお願いします。

The TargetMine Data Warehouse: Enhancement and Updates.
Chen Y-A, Tripathi LP, Fujiwara T, Kameyama T, Itoh MN, Mizuguchi K.
Frontiers in Genetics. 2019 Oct 9;10:934
doi pubmed

 

TargetMineに関する他の参考資料。

原著論文

Assessing drug target suitability using TargetMine.
Chen Y-A, Yogo E, Kurihara N, Ohno T, Higuchi C, Rokushima M, Mizuguchi K.
F1000Research. 2019 Feb 28 [revised 2019 May 28];8:233
doi pubmed

An integrative data analysis platform for gene set analysis and knowledge discovery in a data warehouse framework.
Chen Y-A, Tripathi LP, Mizuguchi K.
Database (Oxford). 2016 Mar 17;2016. pii: baw009
doi pubmed

TargetMine, an Integrated Data Warehouse for Candidate Gene Prioritisation and Target Discovery.
Chen Y-A, Tripathi LP, Mizuguchi K.
PLoS ONE. 2011 Mar 8;6(3): e17844
doi pubmed

 

総説、書籍など

英語

Data Warehousing with TargetMine for Omics Data Analysis.
Chen Y-A, Tripathi LP, Mizuguchi K.
Methods in Molecular Biology. 2019;1986:35-64
doi pubmed

Integrative Analysis of Multi-Omics Data
Tripathi LP, Esaki T, Itoh MN, Chen Y-A, Mizuguchi K.
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology. 2018 Sep 6;Volume 3, Page 194-199
doi

Network-Based Analysis for Biological Discovery
Tripathi LP, Chen Y-A, Mizuguchi K, Murakami Y.
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology. 2018 Sep 6;Volume 3, Page 283-291
doi

Network-Based Analysis of Host-Pathogen Interactions
Tripathi LP, Chen Y-A, Mizuguchi K, Morita E.
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology. 2018 Sep 6;Volume 3, Page 932-937
doi

 

日本語

イメージング時代の構造生物学 第4章 5.
対象タンパク質を理解するための有用なデータベース
長尾知生子、水口賢司
実験医学増刊 Vol.38, No.5 (2020)

AI創薬に向けた医療ビッグデータベースの統合と解析
伊藤眞里、長尾知生子、藤原大、水口賢司
月刊PHARMSTAGE (ファームステージ) Vol.19, No.11, 21-24 (2020)

特集 コンピュータサイエンスの応用
異なるデータベースの有機的統合と医療への応用
藤原大、水口賢司
Lung Perspectives Vol.27, No.3, 205-208 (2019)

創薬における計算機の果たす役割 -プレシジョンメディシンに向けて- 
長尾知生子、夏目やよい、水口賢司
月刊Precision Medicine (プレシジョンメディシン) Vol.1, No.1, 28-31 (2018)

公共データベースの統合からAIによるデータマイニングに向けて―創薬への応用を目指して―
伊藤眞里、長尾 生子、夏目やよい、水口賢司
日本化学会情報化学部会誌 Vol.35, No.3, 210-213 (2017)
doi

計算システム生物学による創薬:分子,構造からネットワークへ
夏目やよい、水口賢司
日本薬理学雑誌 Vol.149, No.2, 91-95 (2017)
doi

創薬の初期研究におけるデータベース構築とモデリング
水口賢司
学術の動向 Vol.22, No.7, 62-65 (2017)
doi

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