クエリービルダー

「クエリービルダー」で以下のことができます

  1. TargetMineの複数のデータソースをまたがるクエリーの作成
  2. すでにあるテンプレートクエリーを変更し、出力の変更や、以下の例で説明するような制約条件の追加をする

クエリービルダーはとても強力で、そのため複雑です。おそらく、クエリービルダーの理解を助けるサンプルから出発した方がよいでしょう。

A Gene to miRNA template

「Edit Query」ボタンをクリックして、クエリービルダーでクエリーを編集します。

左にある「Model browser」を使ってTargetMineのデータモデルを探索することができます。この例では、Model browserは最初にGeneクラスと、その全ての属性(例: Name、Symbol)、そして関連するクラス(例: Organism、Protein)が表示されます。TargetMineでは、オブジェクト指向のデータモデルが用いられるため、生物学的な概念はクラスとして表現され、それぞれのデータエントリはオブジェクトと呼ばれます。

[+]をクリックすると、関連するクラスや、それらの属性が表示されます。[SHOW]タブで、出力にフィールドを追加することができます。[CONSTRAIN]タブで、制約条件(フィルター)を追加することができます。

Upper part of QueryBuilder

左側がモデルブラウザーで、右側がクエリーの概要です。

Query Overview」の箇所は、クエリーに適用される制約条件を示しています。 Geneとその後の’LOOKUP 1019‘をご覧ください。これは、クエリーが1019という識別子を持つ遺伝子を条件とするクエリーだということです。制約条件の横にある[x]ボタンをクリックすることで、この制約条件を削除することができます。ボタンをクリックすることで、制約条件を編集することもできます。遺伝子の識別子を1019以外のものに変更したり、以前に設定したリストの遺伝子に限定することもできます。

この例では、GeneとMiRNAクラスの関連性を見つけようとしています。Geneクラスから開始し、miRNA Interactionクラスを経由して、miRNAにたどり着いています。「Query Overview」でクエリーを精査できます。

モデルブラウザーの下の「Fields selected for output」は、検索結果に含まれるフィールドを表示しています。それぞれの四角がフィールドを表し、検索結果の表ではそれぞれがカラムに対応します。それぞれのフィールドの順序はドラッグアンドドロップで変更することができます。

Lower part of QueryBuilder

You can remove or reorder the columns to be shown in the results table.

Lower part of QueryBuilder

検索結果の表に出てくるカラムを削除したり、順序を入れ替えたりすることができます。

「Show results」をクリックし、検索結果を表示します。

別のテンプレートを編集して、他のサンプルで学習してみてください。