概要

TargetMineとは何ですか?

評価のための適切なターゲット(遺伝子、タンパク質、非ペプチド遺伝子産物、パスウェイ)を見つけることは、遺伝子機能のアノテーション、創薬、各種疾患の発症機序の理解などにとって欠くことのできない最も重要なステップです。TargetMineは、ターゲットの優先順位付けと創薬の初期段階に役立つことを主目的として開発された統合データウェアハウスシステムです。TargetMineは、InterMineをベースにしています。InterMineは、各種リポジトリの生物学的データを結合するための柔軟で効率的なフレームワークであり、単一のユーザーフレンドリーなインターフェースを使った多様な生物学的な探索が可能です。

TargetMineで何ができるか?

TargetMineでは、ターゲット発見の助けとなるような生物学のデータ型を含むように選ばれた、一般に利用可能な多数の生物学的データ群を編成しています。TargetMineは既存の同じ目的のツールでは実行困難な複雑な検索を可能とし、効率的なターゲットの優先順位付けを手助けします。さらに、TargetMineは簡単で予備的な遺伝子リストの解析を可能とし、対象となる遺伝子セットに関するエンリッチメントの理解を強力にサポートします。

以下は、今までは実行困難でしたが、TargetMineでは簡単に検索可能なケースの例です。

  1. 遺伝子リストが与えられた時、それと関連する全ての疾患、およびこれらの遺伝子をターゲットとする全ての医薬品を検出する。 [もっと知りたい]
  2. 遺伝子リストが与えられた時、ハブ遺伝子、ボトルネック遺伝子、そしてこれらの遺伝子をターゲットとする化合物を検出する。 [Try!] [もっと知りたい]
  3. 遺伝子のリストが与えられた時、そのリスト内で、転写制御関係(例えば、転写因子とターゲット、miRNAとターゲットの関係)にある全ての遺伝子群を抽出する。 [試してみる]