ChEMBLデータセット

ChEMBLは,生物活性のある薬物様低分子とその生物活性を手動でキュレーションしたデータベースです。

TargetMine内のデータ

TargetMineでは,ChEMBLデータセットにある全ての種を組み込んでいますが,信頼性の高いターゲッティングアノテーションを拾うために,化合物ターゲット関連を抽出するときに,下記フィルタを適用しています。

  1. 信頼度スコア≥ 4 [注記 1]
  2. 評価タイプが ‘Binding’
  3. ターゲットタイプが ‘SINGLE PROTEIN’
  4. 標準タイプが,‘IC50’,’Kd’, ‘Ki’, ‘EC50’, 及び ‘AC50’.

注記

  1. ChEMBLデータベースにおける信頼度スコア:

0: ターゲットが不明,または未指定
1: 指定されたターゲットが非分子
2: 指定されたターゲットが細胞成分分画
3: 指定されたターゲットが非タンパク質分子ターゲット
4: 複合相同タンパク質ターゲットがたぶん指定されている
5: 複合直接タンパク質ターゲットがたぶん指定されている
6: 相同タンパク質複合サブユニットが指定されている
7: 直接タンパク質複合サブユニットが指定されている
8: 相同単一タンパク質ターゲットが指定されている
9: 直接単一タンパク質ターゲットが指定されている

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