高信頼の直接物理的PPI

紹介

広大なPPIリポジトリは、ノイズや偽陽性などによって苦しめられています。私たちは、結合されたPPIリポジトリの信頼性評価を実施し、信頼のおける高品質なサブセットであるHDCP(high-confidence direct physical PPIs、高信頼の直接的PPI)を定義しました。

手法

PPIのうち、少なくとも2つの異なる実験手法により確認されているもの、あるいは、2つの独立した論文により報告されているものは、高信頼なPPIと判定されます。高信頼なPPIのうち、以下の条件の少なくとも1つを満たすものは、高信頼な直接物理的PPIと定義されます。

  1. 由来するリポジトリで、直接物理的な相互作用であると注釈がついているもの。
  2. 酵母ツーハイブリッド法、蛍光共鳴エネルギー移動、原子間力顕微鏡など、直接物理的な相互作用を検出する方法のいずれかで同定されたもの。
  3. 支持するPubMed文献情報

参考文献:

  • Chen Y-A, Tripathi LP, Mizuguchi K (2016) An integrative data analysis platform for gene set analysis and knowledge discovery in a data warehouse framework. Database (Oxford). 2016 Mar 17;2016. pii: baw009. [PubMed:26989145]