エンリッチメント解析

リスト解析ページにあるエンリッチメントウィジェットはフィッシャーの正確確率検定を片側検定で様々な生物学的テーマ(例えばパスウェイ、Gene Ontology、Disease Ontologyなど)について実行します。

Enrichment widgets

エンリッチメントウィジェットの例

P値を求めるために必要な値が4つあります。

  1. ゲノム(プロテオーム)全体で、その生物学的テーマのうちの少なくとも1つと関連づいた遺伝子(タンパク質)がいくつあるか。
  2. ゲノム(プロテオーム)全体で、その生物学的テーマのうちの特定の1つと関連づいた遺伝子(タンパク質)がいくつあるか。
  3. アップロードしたリストの中に、その生物学的テーマのうちの少なくとも1つと関連づいた遺伝子(タンパク質)がいくつあるか。
  4. アップロードしたリストの中に、その生物学的テーマのうちの特定の1つと関連づいた遺伝子(タンパク質)がいくつあるか。

これら4つの値は、フィッシャーの正確確率検定の片側検定のために用いられます。十分に特徴的な生物学的テーマのみが有意なP値を持ちます。

さらに知りたい

  1. Fisher’s exact test – Wikipedia
  2. List enrichment widgets statistics – InterMine documentation