合成相互作用ネットワーク

チュートリアル

  1. 遺伝子のリストをアップロードするために、テキスト欄にペーストをして、ボタンをクリックしてアップロードします。
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  2. 必要ない遺伝子を除いたり、相互作用の可視化方法のオプションを調整できます。全ての準備が問題なければ、ボタンをクリックして、合成ネットワークの可視化をします。
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  3. デフォルトは格子状のレイアウトです。グラフの下にあるボタンを使うことで、異なるレイアウトを選択することができます。
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  4. 力学的レイアウトのタイプCの例です。
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  5. もし必要のない遺伝子を除いたり可視化のオプションを再選択したいなら、「List」リンクをクリックして戻ることができます。

Notes:

  1. レスポンスタイムが遅くなることやシステムクラッシュを回避するため、TargetMineのネットワークビューは、ユーザーがアップロードした遺伝子とそれらの相互作用相手を含めて500ノードまでに制限しています。もしノード数が500を超えるような場合は、クエリー遺伝子、相互作用の種類などを最小化したり、Cytoscapeなどのスタンドアローンのネットワーク可視化ツールで読み込めるように「GraphML」や「TSV」フォーマットでネットワークをエキスポートすることをお勧めします。