生物学的なエンリッチメント解析

チュートリアル

  1. テキストエリアにペーストするか、あるいはアップロードするファイルを選択して「Read」ボタンをクリックすることで、遺伝子のリストをアップロードします。
  2. ボタンをクリックしてアップロードします。
    pipeline-tutorial-01
  3. 遺伝子をオーソログに変換することもできますし、リストに相互作用相手を加えることもできますし、直接エンリッチメント解析をすることもできます。

    これらの工程を異なるやり方で組み合わせることができます。
    These processes could be use as different combinations.
  4. エンリッチ解析の結果は、棒グラフでチェックすることができます。ドロップダウンメニューで、エンリッチ解析のテーマを変更することもできます。
  5. 「Show HeatMap」ボタンをクリックすることで、ヒートマップ形式で遺伝子と、選択された生物学的なアイテムが可視化されます。
    pipeline-tutorial-04
  6. KEGGあるいはReactomeのパスウェイエンリッチメント解析結果でパスウェイ名をクリックすることで、それぞれのオリジナルサイト上でのマッピングされた結果を閲覧できます。詳しくは’KEGG、Reactomeにエンリッチメント解析結果をマップmapする‘をご覧ください。
  7. さらに、エンリッチメント解析結果表の識別子をクリックすることで、TargetMineでのそれらの情報を閲覧できます。「in list」カラムの数値をクリックすることで、TargetMine内の全ての関連する遺伝子が、検索結果として表示されます。
  8. ヒートマップの可視化で、表示色を設定変更することができます。その画像や表をエキスポートすることもできます。
    pipeline-heatmap-example

ヒートマップによる可視化を、他のタイプのデータを可視化するためにも使うことができます。詳しくは “Association Heat Map“をご覧ください。