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ChEMBLデータセット

ChEMBLは，生物活性のある薬物様低分子とその生物活性を手動でキュレーションしたデータベースです。

TargetMineには、ChEMBLに登録されているすべての化合物が含まれています。ただし、化合物に関連する一部のデータについては、以下のようにフィルタリングされています。

  1. 化合物に関連するターゲットは、以下の条件を満たす場合にのみ含まれます。
    • 信頼度スコア≥ 4 [注記 1]
    • ターゲットタイプが ‘SINGLE PROTEIN’
    • 生物活性タイプが，‘IC50’,‘Kd’, ‘Ki’, ‘EC50’, 及び ‘AC50’.
  2. 活性(Activity)とメカニズム(Mechanism)のデータは、TargetMineに含まれる化合物とターゲットのペアに紐づいている場合もののみ含まれます。
  3. 化合物に直接関連している（ターゲットを経由していない）他のすべてのパラメーターデータが含まれています。例えば、
    • ATC code
    • Indications
    他にデータの取捨選択は行われていません。従って、上記基準で選択されたターゲットと化合物に紐づいている限り、
    • すべての生物種のターゲット
    • ADMEと毒性を含むすべてのアッセイタイプ(assay type)
    が含まれています。
    4. 一方、TargetMineに含まれないデータの例は、
    • 一般的なADMEと毒性のデータ
    • 未知または上記基準に該当しないターゲットに関連するメカニズム

注記

1. ChEMBLデータベースにおける信頼度スコア：

0: ターゲットが不明，または未指定
1: 指定されたターゲットが非分子
2: 指定されたターゲットが細胞成分分画
3: 指定されたターゲットが非タンパク質分子ターゲット
4: 複合相同タンパク質ターゲットがたぶん指定されている
5: 複合直接タンパク質ターゲットがたぶん指定されている
6: 相同タンパク質複合サブユニットが指定されている
7: 直接タンパク質複合サブユニットが指定されている
8: 相同単一タンパク質ターゲットが指定されている
9: 直接単一タンパク質ターゲットが指定されている

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