エンリッチした生物学的テーマを同定する
8. リスト分析ページの下部には,幾つかのエンリッチメント・ウィジェットがあります。”Pathway Enrichment”ウィジェットから始めましょう。
9. “Test Correction”を”Benjamini Hochberg”に変更します。これは,それほど厳しくない多重比較検定補正の方法です。
10. ここでは,KEGGパスウェイのみを使用しますので,”DataSet”を”KEGG pathway”に変更します。
11. エンリッチ・パスウェイの上位10件(P値が最小)の横にあるチェックボックスをチェックします。
12. 表の上にある”View”ボタンをクリックし,次に”View results”ボタンをクリックします。
13. 別タブに結果が表示されます。表の上にある”Save as List”ボタンをクリックし,プルダウンメニューの”Create List”を選択し”Gene”をクリックします。ポップアップウィンドウが表示されますので,名前として”Top 10 KEGG”と入力し,”Create List”ボタンをクリックします。これで,上位10件のエンリッチ・KEGGパスウェイに関連付けられたリスト内の遺伝子が,”Top 10 KEGG”という名前の新しいリストとして保存されます。
14. GO及びDiseaseウィジェットについても同様の操作を行い,更に2つの遺伝子リストを取得します。分からない場合は,以下の操作説明を参照ください。
- Gene Ontologyエンリッチメント・ウィジェットで(”Request Faild”と表示された場合は,”F5″ボタンで再読み込みしてみて下さい),”Test Correction”に”Benjamini Hochberg”を選択し,”DataSet”に”biological_process”を選択します。上位10件のエンリッチ・GOアイテムを選択し,”View results”ボタンをクリックし,結果のページで”Save as List”のプルダウンで”Create list”を選択し,”Gene”をクリックします。次に,リストに”Top 10 GOBP”という名前をつけ,”Create”をクリックしてリストを作成します。
- Diseaseエンリッチメント・ウィジェットで,”Test Correction”に”Benjamini Hochberg”を選択し,”DataSet”に”All”を選択します。上位10件のエンリッチ・疾患アイテムを選択し,”View results”ボタンをクリックし,結果のページで”Save as List”のプルダウンで”Create list”を選択し,”Gene”をクリックします。次に,リストに”Top 10 Disease”という名前をつけ,”Create List”をクリックしてリストを作成します。
15. これで3つの新しいリストを取得できます。