化合物と疾患の関連データセットを作成する方法を，次の二つのケースについて説明します。
- 1 疾患(Gene/DisGeNET)経由
- 2 遺伝子-疾患ペア(ClinVar, GWAS and dbSNP)経由
これらは，遺伝子変異から推測される遺伝子-疾患の関連
情報が含まれています。
ケース1.1 疾患経由(Gene/DisGeNET)経由
1. TargetMineのメインページで，”Query Builder”タブをクリックします。
TargetMineの”Query Builder”タブをクリックします。
2. “ChEMBL Compound”を選択した後，”Select”ボタンをクリックして，クエリを開始します。
“ChEMBL Compound”を選択して，”Select”ボタンをクリックします。
3. “Model browser”でTargetMineのデータモデルを表示させることができます。データモデルは，ツリー構造をしており，”＋”をクリックすることで，サブクラスが表示できます。例えば，”ChEMBL Compound”クラスをルートとして，サブクラスの”Target Proteins”をクリックすると，さらにそのサブクラスの”Activities”, “Data Set”, “Protein”が現れます。”ChEMBL Compound”からはじめて，”Disease Tearm”を表示させるには，”Target Proteins”，”Protein”，”Genes”，”Disease”，”Disease Tearm”と順に展開します。
ツリーを展開し，TargetMineのデータクラスを表示させます。
4. 次に各々のクラスについて，属性の”SHOW”タブをクリックすることで出力テーブルに追加することができます。例えば，”ChEMBL Compound”クラスの”Name”，”Original Id”。”Gene”クラスの”DB identifier”，”Symbol”。”Disease Term”クラスの”Identifier”，”Name”を選択します。
選んだ項目は”Query Overview”に表示されます。
出力したい項目の”SHOW”タブをクリックします。
5. このチュートリアルでは，結果出力をすぐに得られるようにChEMBL Compoundに制限を付けます。”ChEMBL Compound”クラスの”Name”の”CONSTRAIN”タブをクリックし，ポップアップ画面で，名称として”acetaminophen”を入力し”Add to query”ボタンをクリックします。制限なしの検索はサーバに負荷がかかりますので，クエリーをサブミットする前に(お問い合わせへのリンク)ご相談ください。
尚，制限なしの場合の結果はこちらからダウンロードできます。
”CONSTRAIN”をクリックします
結果出力をすぐに得られるようにChEMBL Compoundに制限を付けます。
6. ”Fields selected for output”エリアで，出力カラムに対応する項目のボックスをドラッグ＆ドロップすることで，結果テーブルのカラムの並びを変更できます。
結果テーブルのカラムを削除，または並びを変更できます。
7. “Show results”ボタンをクリックして結果テーブルを表示します。
この方法とは別に，APIを使って，HTTPリクエストや，Perl，Java，Python，Ruby，JavaScriptなどのプログラム言語でデータを操作できます。
クエリーの結果を確認します。
8. リストをソートしたり，フィルタしたりもできます。タイトル行にある”▲”または”▼”をクリックし，そのカラムのアイテムでソートします。また，漏斗アイコンをクリックしてポップアップ画面を開いて”Add filter to”ボタンをクリックし，次に開かれたポップアップ画面で，このカラムのアイテムに対する制約条件を入力し，最後に”Add constraint”ボタンをクリックして，リストをフィルタします。
リストをソートできます。
リストをフィルタできます。
9. “Export”ボタンをクリックしてクエリーの結果を保存します。
