ケース1.2 遺伝子-疾患ペア(ClinVar, GWAS and dbSNP)*経由
*”Gene Disease Pair”クラスの説明はこちら
1. TargetMineのメインページで，”Query Builder”タブをクリックします。
TargetMineの”Query Builder”タブをクリックします。
2. “ChEMBL Compound”を選択した後，”Select”ボタンをクリックして，クエリを開始します。
“ChEMBL Compound”を選択して，”Select”ボタンをクリックします。
3. “Model browser”でTargetMineのデータモデルを表示させることができます。データモデルは，ツリー構造をしており，”＋”をクリックすることで，サブクラスが表示できます。例えば，”ChEMBL Compound”クラスをルートとして，サブクラスの”Target Proteins”をクリックすると，さらにそのサブクラスの”Activities”, “Data Set”, “Protein”が現れます。”ChEMBL Compound”からはじめて，”Disease Tearm”を表示させるには，”Target Proteins”，”Protein”，”Genes”，”Gene Disease Pairs”，”Disease Tearm”と順に展開します。
(クリックする場所の例はケース1.1の手順3を参照ください)
4. 次に各々のクラスについて，属性の”SHOW”タブをクリックすることで出力テーブルに追加することができます。例えば，”ChEMBL Compound”クラスの”Name”，”Original Id”。”Gene”クラスの”DB identifier”，”Symbol”。”Disease Term”クラスの”Identifier”，”Name”を選択します。(クリックする場所の例はケース1.1の手順4を参照ください)
選んだ項目は”Query Overview”に表示されます。
出力したい項目の”SHOW”タブをクリックします。
5. このチュートリアルでは，結果出力をすぐに得られるようにChEMBL Compoundに制限を付けます。”ChEMBL Compound”クラスの”Name”の”CONSTRAIN”タブをクリックし，ポップアップ画面で，名称として”acetaminophen”を入力し”Add to query”ボタンをクリックします。
(ケース1.1の手順5を参照ください)
制限なしの検索はサーバに負荷がかかりますので，クエリーをサブミットする前に(お問い合わせへのリンク)ご相談ください。
尚，制限なしの場合の結果はこちらからダウンロードできます。
6. ”Fields selected for output”エリアで，出力カラムに対応する項目のボックスをドラッグ＆ドロップすることで，結果テーブルのカラムの並びを変更できます。
(ケース1.1の手順6を参照ください)
7. “Show results”ボタンをクリックして結果テーブルを表示します。
(ケース1.1の手順7を参照ください)
8. クエリーの結果の確認と保存については，ケース1.1の手順8,9を参照ください。
